الهدف الرئيسي لمدرسة أم القرى لذوي الاحتياجات الخاصة هو العمل على دمج هذه الشريحة وانخراطها في المجتمع، من خلال تقديم الخدمات التعليمية و التأهيلية و العلاجية المتكاملة  لهم لتحسين أوضاعهم الصحية والنفسية والاجتماعية من خلال خدمات المدرسة